3130和3130xl测序仪系统组成
北京拓普塞斯生物技术有限公司成立于 2008 年,是湖北三七七生物技术有限公司的全资子公司,我司自成立至今始终致力于各种类型的生物学仪器的销售、维修维护等服务。如测序仪、合成仪、扩增仪、蛋白纯化仪、自动工作站和气相色谱质谱联用仪等,公司尤其在 abi 各种型号的基因分析仪方面有丰富的维修维护经验。
系统组成
美国应用生物系统公司 3130 和 3130xl 基因分析仪由以下组件组成:
? 毛细管电泳仪
? 计算机工作站:用于仪器控制和数据分析
? 软件:用于仪器控制、数据收集和样品文件自动分析
? 分析软件包括:
- 用于碱基识别的序列分析软件
- 用于snp、aflp 和 loh 分析的 genemapper?/genemapper? id 软件
北京拓普塞斯生物专注测序仪销售与维修服务,主营产品型号:有373测序仪、377测序仪、310测序仪、3700测序仪和3100测序仪型等dna测序仪。
测序仪
北京拓普塞斯生物技术有限公司成立于 2008 年,是湖北三七七生物技术有限公司的全资子公司,我司自成立至今始终致力于各种类型的生物学仪器的销售、维修维护等服务。如测序仪、合成仪、扩增仪、蛋白纯化仪、自动工作站和气相色谱质谱联用仪等,公司尤其在 abi 各种型号的基因分析仪方面有丰富的维修维护经验。
测序仪日常保养:
要定期清洗测序仪仪器各个部位:每一个月清洗一次pump和polymer block;每周冲洗一次水密封环;每三个月清洁一次毛细管外端的扫描窗口。严格按要求使用试剂等相关物品:每周更换一次测序胶,且在使用前置于室温下半小时,待胶体清澈无沉淀时方可更换;每三天更换一次1x缓冲液和超纯水。通过这些措施也可避免未知大分子荧光物质的污染,保证结果的准确性。
北京拓普塞斯生物专注测序仪销售与维修服务,主营产品型号:有373测序仪、377测序仪、310测序仪、3700测序仪和3100测序仪型等dna测序仪。欢迎您致电联系我们获取更多优惠~~~
二代测序仪的操作流程
北京拓普塞斯生物技术有限公司成立于 2008 年,是湖北三七七生物技术有限公司的全资子公司,我司自成立至今始终致力于各种类型的生物学仪器的销售、维修维护等服务。如测序仪、合成仪、扩增仪、蛋白纯化仪、自动工作站和气相色谱质谱联用仪等,公司尤其在 abi 各种型号的基因分析仪方面有丰富的维修维护经验。
1)测序文库的构建(library construction)
首先准备基因组dna(虽然测序公司要求样品量要达到200ng,但是gnome analyzer系统所需的样品量可低至100ng,能应用在很多样品有限的实验中),然后将dna随机片段化成几百碱基或更短的小片段,并在两头加上特定的接头(adaptor)。如果是转录组测序,则文库的构建要相对麻烦些,rna片段化之后需反转成cdna,然后加上接头,或者先将rna反转成cdna,然后再片段化并加上接头。片段的大小(insert size)对于后面的数据分析有影响,可根据需要来选择。对于基因组测序来说,通常会选择几种不同的insert size,以便在组装(assembly)的时候获得更多的信息。
2)锚定桥接(surface attachment and bridge amplification)
solexa测序的反应在叫做flow cell的玻璃管中进行,flow cell又被细分成8个lane,每个lane的内表面有无数的被固定的单链接头。上述步骤得到的带接头的dna 片段变性成单链后与测序通道上的接头引物结合形成桥状结构,以供后续的预扩增使用。
3)预扩增(denaturation and complete amplification)
添加未标记的dntp 和普通taq 酶进行固相桥式pcr 扩增,单链桥型待测片段被扩增成为双链桥型片段。通过变性,释放出互补的单链,锚定到附近的固相表面。通过不断循环,将会在flow cell 的固相表面上获得上百万条成簇分布的双链待测片段。
4)单碱基延伸测序(single base extension and sequencing)
在测序的flow cell中加入四种荧光标记的dntp 、dna 聚合酶以及接头引物进行扩增,在每一个测序簇延伸互补链时,每加入一个被荧光标记的dntp就能释放出相对应的荧光,测序仪通过捕获荧光信号,并通过计算机软件将光信号转化为测序峰,从而获得待测片段的序列信息。从荧光信号获取待测片段的序列信息的过程叫做base calling,illumina公司base calling所用的软件是illumina’s genome analyzer sequencing control software and pipeline analysis software。读长会受到多个引起信号衰减的因素所影响,如荧光标记的不完全切割。随着读长的增加,错误率也会随之上升。
5)数据分析(data analyzing)
这一步严格来讲不能算作测序操作流程的一部分,但是只有通过这一步前面的工作才显得有意义。测序得到的原始数据是长度只有几十个碱基的序列,要通过生物信息学工具将这些短的序列组装成长的contigs甚至是整个基因组的框架,或者把这些序列比对到已有的基因组或者相近物种基因组序列上,并进一步分析得到有生物学意义的结果。
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