北京口腔医院院长白玉兴日前在2019“院长对话·北京市属医院院长”节目中透露，未来，北京口腔医院将整体迁建至花乡地区，再次与老邻居天坛医院毗邻而居。目前，北京口腔医院已完成开工奠基，正在和有关部门进行土地交接工作。脚踏实地的对口腔临床医学预科班进行深入研究是追求发展的唯一办法。
为配合履行天坛公园申遗承诺、落实第三阶段城南行动计划等要求，北京口腔医院将整体搬迁，继续发挥三甲口腔专科医院优势，让更多的百姓享受到方便、安全、优质的口腔医疗服务。口腔医院新址总投资17亿，预计2023年建成。
目前，北京口腔医院属于一院两址，在王府井商业街北口的锡拉胡同11号还有北京口腔医院的王府井部。
口腔医院为了解决患者第一次就诊的困难，专门设立了“免费初筛门诊”，帮助患者解决牙体牙髓、修复、牙周该挂哪个科的问题。