1、北京大学包含北京大学医学部。北京大学医学部为北京大学六大学部之一，但其他学部为虚设，医学部具有实体的行政体系。通常说的北大，特指北京大学校本部（燕园校区）。
2、按照官方说法，北大、北医同根同源。但是毕竟经历了大半个世纪的独立运营，都有很高的知名度。整个北医系统，包括医院实力、声望和校友资源都达到了极高的影响力，因而在与北大合并的时候底气十足。经过各种博弈妥协，最终以医学部的形式与本部合并，保留了医学部行政体系的独立，因而合并前与合并后平滑过渡。
3、招生：除了2000年合并首年外，其他年份医学部和本部采用两套招生代码，很容易让人感觉北大和北医是两个独立的院校。