《国务院关于个人独资企业和合伙企业征收所得税问题的通知》(国发[2000]16号)规定，自2000年1月1日起，对个人独资企业和合伙企业停止征收企业所得税，其投资者的生产经营所得，比照个体工商户的生产、经营所得征收个人所得税。
为了认真贯彻落实国发[2000]16号文件精神，切实做好个人独资企业和合伙企业投资者的个人所得税征管工作，财政部、国家税务总局制定了《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》(财税[2000]91号发布，以下简称《规定》)，对个人独资企业和合伙企业投资者的生产经营所得征收个人所得税作出了详细规定。
一、个人独资企业和合伙企业及纳税人的范围
(一)个人独资企业和合伙企业的范围
《规定》第二条解释，本规定所称个人独资企业和合伙企业是指：
(1)依照《中华人民共和国个人独资企业法》和《中华人民共和国合伙企业法》登记成立的个人独资企业、合伙企业;
(2)依照《中华人民共和国私营企业暂行条例》登记成立的独资、合伙性质的私营企业;
(3)依照《中华人民共和国律师法》登记成立的合伙制律师事务所;
(4)经政府有关部门依照法律法规批准成立的负无限责任和无限连带责任的其他个人独资、个人合伙性质的机构或组织。
(二)纳税义务人的确定
1.《规定》第三条规定，个人独资企业以投资者为纳税义务人，合伙企业以每一个合伙人为纳税义务人(以下简称投资者)。
2.《财政部 国家税务总局关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》(财税[2008]159号)第二条规定：合伙企业以每一个合伙人为纳税义务人。合伙企业合伙人是自然人的，缴纳个人所得税;合伙人是法人和其他组织的，缴纳企业所得税。
二、查账征收时应纳税所得额的计算
(一)合伙企业生产经营所得和其他所得采取“先分后税”的原则
《财政部 国家税务总局关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》(财税[2008]159号)第三条规定，合伙企业生产经营所得和其他所得采取“先分后税”的原则。
具体应纳税所得额的计算按照《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》(财税[2000]91号)及《财政部 国家税务总局关于调整个体工商户个人独资企业和合伙企业个人所得税税前扣除标准有关问题的通知》(财税[2008]65号)的有关规定执行。
前款所称生产经营所得和其他所得，包括合伙企业分配给所有合伙人的所得和企业当年留存的所得(利润)。
(二)合伙企业投资者应纳税所得额的确定原则
财税[2008]159号第四条规定，合伙企业的合伙人按照下列原则确定应纳税所得额：
(1)合伙企业的合伙人以合伙企业的生产经营所得和其得，按照合伙协议约定的分配比例确定应纳税所得额。合伙协议不得约定将全部利润分配给部分合伙人。
(2)合伙协议未约定或者约定不明确的，以全部生产经营所得和其他所得，按照合伙人协商决定的分配比例确定应纳税所得额。
(3)协商不成的，以全部生产经营所得和其他所得，按照合伙人实缴出资比例确定应纳税所得额。
(4)无法确定出资比例的，以全部生产经营所得和其他所得，按照合伙人数量平均计算每个合伙人的应纳税所得额。
(三)收入总额
收入总额，是指企业从事生产经营以及与生产经营有关的活动所取得的各项收入，包括商品(产品)销售收入、营运收入、劳务服务收入、工程价款收入、财产出租或转让收入、利息收入、其他业务收入和营业外收入。