最近有深圳客户向我们咨询，公司的一部分股权被高管持有，而高管持股平台为有限合伙形式，现某境外上市公司有意收购该公司，客户咨询高管如何缴纳个人所得税（合伙企业投资入股的成本不超过2000万，但是合伙企业转让股权的收入超过2个亿）。就此，我们分为几个小问题来回答上述问题。
1. 转让收入是合伙企业缴纳企业所得税
还是高管缴纳个人所得税？
合伙企业在很多年前就停止征收企业所得税了，根据《关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》（财税【2008】159号）规定，合伙企业以每一个合伙人为纳税义务人，合伙企业合伙人是自然人的，缴纳个人所得税；合伙人是法人和其他组织的，缴纳企业所得税。因此，如果有限合伙转让了持有标的公司的股权，合伙企业本身不需要缴纳企业所得税或者个人所得税，作为自然人的高管需要缴纳个人所得税。
2. 合伙企业不作分配合伙人
还需要缴纳个人所得税吗？
客户咨询，如果合伙企业收到了这笔转让款而不向合伙人分配，合伙人（全部为自然人）还需要缴纳个人所得税吗？根据上述159号文，合伙企业生产经营和其他所得采取“先分后税”的原则，而生产经营所得和其他所得，包括合伙企业分配给所有合伙人的所得和企业当年留存的所得（利润）。也就是说，即使有当年留存的所得，仍然视为合伙企业向合伙人已经作了分配，然后由合伙人缴纳个人所得税，通过不向合伙人分配来达到避税的目的不能实现。
3. 是按“财产转让所得”纳税
还是按“经营所得”纳税？
在交流的过程中，客户一直在提20%的个人所得税，因为在客户的潜意识中，合伙企业转让股权，如果是缴纳个人所得税，那么按照个人所得税法中的“财产转让所得”项目缴纳20%的个人所得税就可以了。但是我们适时提醒了客户，合伙企业转让股权，其取得的所得为个人所税法的“经营所得”，需适用5%-35%的超额累进税率，这一点在《国家税务总局稽查局关于2018年股权转让检查工作的指导意见》（税总稽便函【2018】88号）中作出了明确规定。
4. 是否区分“有限合伙人”
与“一般合伙人”？
客户介绍了自己的情况，有限合伙的普通合伙人为标的公司的实际控制人，有限合伙人为其他5位自然人高管，那么是不是根据合伙人身份的不同而可以适用不同的个人所得税税率呢？在2010年的时候，深圳市人民政府出台了《关于促进股权投资基金业发展的若干规定的通知》（深府【2010】103号），其中第三条第（二）项规定，执行合伙事务的普通合伙人，按“经营所得”项目，适用5%-35%的五级累计税率，而有限合伙人，按照“利息、股息、红利所得”项目，按20%的比例税率计征个人所得税。目前上述规定已失效，且高管持股平台不属于“股权投资基金和股权投资基金管理企业”，因此案例中的高管均应按照“经营所得”项目，适用5%-35%的五级累计税率。
5. 合伙企业是否需要代扣代缴？
对于上述转让收入，客户咨询，是由收购方代扣代缴还是由合伙企业代扣代缴？我们的答复是都不是。根据新修订的个人所得税法第十二条的规定，纳税人取得经营所得，按年计算个人所得税，由纳税人在月度或者季度终了后十五日内向税务机关报送纳税申报表，并预缴税款；在取得所得的次年三月三十一日前办理汇算清缴。也就是说，合伙人就上述经营所得，既不由收购方代扣代缴，也不由合伙企业代扣代缴，而是由合伙人自行申报，这一点在上述88号文中也得到了强调。
6. 合伙人能否就上述收入申请核定征收
核定征收为税法规定的一种税款征收方式，即以核定应税所得率或应纳所得税额的方式征收企业所得税，相比查账征收的税负，核定征收的税负较低，正因如此，客户提出了上述问题。其实在《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》（【2000】91号）第七条也规定了核定征收的方式，现实中一些地方为了招商引资，确实出台了核定征收和财政返还（将税收收入的地方留存部分给予财政返还，系一种变相的税收优惠），但其实早在2012年，国家税务总局就在《关于企业所得税核定征收有关问题的公告》（国家税务总局公告2012年第27号）第一条中就作出了明确规定，专门从事股权（股票）投资业务的企业，不得核定征收企业企业所得税，本案作为高管持股平台的有限合伙企业基本也可以认定为“专门从事股权投资业务的企业”，因此不能申请核定征收。
7. “FATCAPITAL” 观察
投资成本不到2000万，转让收入超过2亿元，即使按照20%的税率缴纳个人所得税都让客户难以接受，何况最终的结果很可能需要按照35%的税率缴纳个人所得税（因为溢价太高，每位合伙人的全年应纳税所得额基本都超过了50万元）。既不能申请核定征收，又不能不实际分配从而规避缴纳个人所得税，这确实为难了客户。当然，因为收购方为境外上市公司，我们提出的搭建返程投资架构，并在境外进行交易的建议让客户有眼前一亮的感觉。关于有限合伙企业如何纳税，实践中还存在其他问题，如果您也有这方面的问题，或者就如何搭建返程投资架构，如何在境外进行交易存在疑问