一、 15%企业所得税率。
2014年3月27日，财政部、国家税务总局公布《横琴新区企业所得税优惠目录》。一系列优惠政策表明：横琴打造与港澳趋同的营商环境、构建促进澳门经济适度多元发展新平台迈上新台阶。此次公布的《横琴新区企业所得税优惠目录》共五大类72条，其中高新技术类37条、医药卫生类13条、科教研发类10条、文化创意类5条、商贸服务类7条;全部属于《横琴新区产业发展指导目录》中已规定的产业类型，根据《横琴新区企业所得税优惠目录》，凡是以符合该目录规定的产业项目为主营业务，且其主营业务收入占企业收入总额70%以上的企业，均可享受这一优惠政策。
二、 面向港澳的个人所得税优惠。
《国务院关于横琴开发有关政策的批复》明确在横琴工作的香港、澳门居民涉及的个人所得税问题，由广东省政府按内地与港澳个人所得税负差额对港澳居民给予补贴，纳税人取得的上述补贴免征个人所得税。广东省财政厅已经出台管理办法，从2013年1月日起执行对港澳居民的税负差额补贴。该政策有利于吸引港澳高端人才，特别是现代服务业专才到横琴创业和发展，进一步促进内地与港澳的经贸交流和人员往来。
三、 企业可自择适用保税区或保税港区的优惠政策。
《批复》明确在横琴生产、加工的货物经“二线”销往内地的，根据企业申请，试行对该内销货物按对应进口料件或按实际报验状态征收关税政策。其中“内销货物按其对应进口料件征收关税政策”是保税区政策，而“内销货物按实际报验状态征收关税政策”是保税港区政策，企业可以根据发展需求，自行选择适用，这在国内是独特的。
四、 企业之间货物交易免征增值税和消费税
《批复》明确“横琴企业之间货物交易免征增值税和消费税”。这原是国内保税区域的成熟政策，但与国内现有保税区域相比，横琴发展的产业范围大幅度扩展，除生产加工、仓储物流等企业外，更多的是商务服务、休闲旅游、文化创意、金融服务和科教研发等企业，企业间货物交易免征增值税和消费税范围也将随之大幅扩展，形成更加完善的营商环境。