自然人直接持股、通过合伙企业或有限公司三种持股方式的税负比较
1、合伙企业的税负种类
根据《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》（财税[2000]91号）、《财政部国家税务总局关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》（财税[2008]159号）规定，“合伙企业以每一个合伙人为纳税义务人。合伙企业合伙人是自然人的，缴纳“个人所得税”；合伙人是法人和其他组织的，缴纳“企业所得税””。
2、合伙企业个人所得税之税率
合伙企业每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以下损失后的余额，作为投资者个人的生产经营所得，比照个人所得税法的“个体工商户的生产经营所得”应税项目，适用5％－35％的五级超额累进税率，计算征收个人所得税。
前款所称收入总额，是指企业从事生产经营以及与生产经营有关的活动所取得的各项收入，包括商品（产品）销售收入、营运收入、劳务服务收入、工程价款收入、财产出租或转让收入、利息收入、其他业务收入和营业外收入。
3、单个合伙人的税负应纳得所额的计算
各合伙人以“合伙企业的生产经营所得和其他所得”为基数，按以下原则确定应纳税所得额：
A.按照《合伙协议》约定的分配比例，确定应纳税所得额；
B.如果合伙协议没有约定分配比例或约定不明确的，则按照合伙人协商决定的分配比例确定应纳税所得额；
C.如果合伙人协商不成的，则按照合伙人实缴出资比例确定应纳税所得额；
D.无法确定出资比例的，则按照合伙人数量平均计算每个合伙人的应纳税所得额；
E.但《合伙协议》不得约定将全部利润分配给部分合伙人。