另外，考虑到港珠澳大桥香港口岸开通以来，附近交通大致畅顺，运输署将按粤港两地政府同意的安排，增加4500个粤港跨境私家车香港配额，由4月15日开始分批使用大桥往来粤港两地。
运输署已由3月25日起陆续发出“批准信”予深圳湾口岸“封闭道路通行许可证”持有人。粤港跨境私家车配额持有人在使用大桥香港口岸时，必须持有原获批口岸的有效“许可证”及带备运输署发出的“批准信”。
运输署表示，此安排不适用于经大桥往返香港和澳门口岸
运输署今年1月宣布，2月开始分两个阶段让持有4个粤港陆路口岸通行许可的跨境私家车免手续试用大桥往返香港和珠海口岸。第一阶段由2月25日起，持落马洲（皇岗）、文锦渡和沙头角口岸通行许可的跨境私家车可免手续试用大桥，为期两年。
粤港两地政府将因应大桥的车流及两地口岸和连接道路等因素，决定两年试用期后的安排。